Prologue
A la fin du mémorable combat entre Naruto et Sasuke dans la Vallée de la Fin, Naruto tombe d'épuisement au sol et reste inconscient plusieurs heures. Cependant, et selon les ordres de Tsunade, Kakashi arrive et se cache dans la forêt. Lorsque Sasuke part chez Orochimaru, il est arrêté par Kakashi. Fatigué par la marque du serpent et par son combat, il ne résiste pas longtemps face à son Sensei. Kakashi emporte alors son corps inanimé vers un endroit plus calme. Aidé d'une Anbu nommée Chikako, il arrive à enfermer dans un sceau, placé dans le bas du dos, les pouvoirs de la terrible marque. Chikako lui procure alors des soins pour qu'il se réveille rapidement.
Même si il sait ou il est, Sasuke montre une amnésie partielle car il ne comprends pas tous les choix et les choses qu'il à fait ces dernières semaines. Kakashi lui explique que ce brusque changement de caractère vient de sa marque. Mais maintenant que le sceau est placé, les effets se stoppent petit à petit. Cependant, sa soif de vengeance face à Itashi n'est pas calmée. Après longue réflexion, ils décident alors de ne pas révéler ce qui vient de se passer. Ainsi, Sasuke partira chez Orochimaru et pourra récolter des informations sur le terrible Sannin tout en perfectionnant son entrainement dans le but de sauver l'honneur de son Clan. Mais cela doit rester absolument secret car les espions d'Orochimaru rodent partout et on ne sait pas combien de temps Sasuke restera là-bas, en espérant que le maître serpent ne découvre pas le subterfuge d'ici-là. Les trois ninjas se promettent alors de ne jamais révéler cela à personne, en dehors de leur chef Tsunade et se séparent au petit matin. Sasuke s'enfuit au loin tandis que Kakashi et Chikako rentrent séparément au village, et continuent de mener leurs vies avec ce terrible secret enfoui au fond du cœur.
La vie à repris son cours à Konoha bien que tout le monde ignore le secret de Sasuke. Considéré comme un traître, toujours aimé par certains mais haïs par beaucoup d'autres, il arrive même que des missions soient, en vain, organisées pour le retrouver. Ses anciens co-équipiers de la Team 7 le pleure secrètement mais font maintenant face à un nouvel ami : Saï, et à un nouveau et temporaire Sensei : le capitaine Yamato. A la suite du dernier combat contre l'Akatsuki, Kakashi se retrouve à l'hôpital. Quand il sort enfin, il doit préparer un nouvel entrainement avec Naruto, sur le thème des éléments de base des ninjas. On découvre que, comme Asuma, le fils du troisième Hokage, Naruto est de l'élément du vent.
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